Применяется как мочегонное и дезинфицирующее средство при заболеваниях мочевыводящих путей. Используется при хронических воспаления мочевого пузыря, мочекаменной болезни, заболеваниях желудка и печени, белях, отеках, малярии, подагре, ревматизме. Наружно - в виде отвара или настоя при болях в ушах, как отвлекающее средство при ревматических и подагрических болях, в виде полосканий при воспалении десен, а также при мокром лишае и чесотке.
Можжевельник не следует принимать при острых воспалительных заболеваниях почек (нефриты, нефрозо-нефриты), язвенной болезни желудка и 12-перестной кишки, острых гастритах и колитах, а также беременным женщинам.